Außerhalb des Hafengebietes ist das jeweils zuständige Bezirksamt allgemein zuständig für die Erteilung wasserrechtlicher Erlaubnisse nach § 10 Wasserhaushaltsgesetz (WHG) und deren Überwachung, mit folgenden Ausnahmen:
Die Behörde für Umwelt, Klima, Energie und Agrarwirtschaft ist für folgende Gewässer zuständig:
Außenalster mit Langer Zug bis einschließlich Krugkoppel-, Fernsicht-, Feenteich-, Schwanenwik- und Langenzugbrücke, Binnenalster, Kleine Alster, Alsterfleet, Neuerwallfleet, Bleichenfleet, Herrengrabenfleet, Mönckedammfleet und Nikolaifleet,
Bille (Untere Bille) und ihre Kanäle zwischen Schöpfwerk Unterbille und Hammerbrookschleuse, Brandshoferschleuse sowie Tiefstackschleuse,
Elbe, einschließlich der Bundeswasserstraße und der mit ihr im Zusammenhang stehenden Flächen des Hafens, Norderelbe, Süderelbe, Köhlbrand, Reiherstieg, und Alte Süderelbe,
Este einschließlich der Bundeswasserstraße sowie der über die Bundeswasserstraße hinausgehenden Hafenflächen,
Dove-Elbe unterhalb der Tatenberger Schleuse,
oberirdische Gewässer im Gebiet des Hamburger Hafens im Sinne des § 1 Absatz 2 des Hafenverkehrs- und Schifffahrtsgesetzes in der jeweils geltenden Fassung, der Bundeswasserstraßen und der daran angrenzenden Gewässer und Landflächen, die sich aus einem Übersichtsplan ergeben*.
Harburger Binnenhafen (Harburger Holzhafen, Harburger Werfthafen, Lotsekanal, Östliche Binnengraft, Überwinterungshafen, Verkehrshafen und Ziegelwiesenkanal), Kaufhauskanal, Östlicher Bahnhofskanal, Westlicher Bahnhofskanal und Schiffsgraben (ehem. Alte Moorwettern).
*siehe: Anordnung über Zuständigkeiten auf dem Gebiet des Wasserrechts und der Wasserwirtschaft