Am 23. August 1664 unterzeichnet König Friedrich III. von Dänemark einen sogenannten "Offenen Brief", der den Satz enthält:
"Nach dem mahl Wir allergnädigst entschlossen, Unser in Unserer Herrschaft Pinneberg belegenes Städtlein Altona, mit Stadt- und Bürger-Recht, Gericht, Gerechtigkeit und Freiheyten, zu begnaden ..."
Das ist die Geburtsstunde der Stadt Altona, die es als solche seit dem 1. April 1938 als selbständige Gemeinde nicht mehr gibt. Im Zuge der Durchführung des Groß-Hamburg-Gesetzes wurde Altona Teil des größeren Nachbarn, der von Anfang an seiner Schwester im Westen kritisch gegenüberstand: Schon 1537 beschwerte sich Hamburg über Altona. Damals hatte nämlich Joachim von Lohe westlich des Grenzbachs einen Krug gebaut und machte den Hamburger Gastwirten arge Konkurrenz. Die Hamburger Ratsherren sollen den Loheschen Krug als "all to nah" bezeichnet haben. Doch kann der Name Altonas auch "all ten au", also "bei dem Bach", bedeuten. Dafür spricht, dass der Name oder gänzlich ähnliche Ortsnamen häufig sind. Allein in Schleswig-Holstein gibt es ihn viermal, und zwar jeweils bei Ortschaften, die keiner anderen zu nahe kommen.
Joachim von Lohe konnte immerhin mit der Hilfe des Pinneberger Drosten seinen Krug trotz Hamburger Proteste offenhalten. Pinneberg – das war ein Reichslehen, mit dem die Grafen von Schauenburg belehnt waren, die weitab auf ihrem Stammsitz an der Weser residierten und sich die Verwaltung durch den Drosten in Pinneberg besorgen ließen mit dem Ziel, möglichst hohe Einnahmen aus der Grafschaft zu ziehen.
Dieses Ziel sollte Altona sehr bald zum Vorteil gereichen, denn schon in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts nahmen die Schauenburger Grafen Glaubensverfolgte auf, zunächst aus den spanischen Niederlanden, dann aber auch Mennoniten, Katholiken, Juden und Quäker. Bei allem heutigen Streit über die Frage, ob sich die Bundesrepublik Deutschland zu einem Einwanderungsland entwickelt, Altona war in seinen Anfängen nichts anderes als eine Einwandererstadt und hat davon glänzend profitiert. Natürlich gab es auch schon damals Streit mit den Alteingesessenen, vor allen Dingen mit den Handwerkern und Zünften, die ihrerseits sich mit den mächtigen Hamburger Nachbarn herumärgern mussten. Der Graf von Schauenburg kam aber 1603 zu einem weisen Beschluß, als er den eingewanderten Handwerkern nördlich der heutigen Straße Nobistor Flächen mit besonderem Vorrecht zuwies, auf denen die Handwerker sich niederlassen konnten, ohne dem Zunftzwang unterworfen zu sein. Das sind die noch heute bekannten Straßen Kleine und Große Freiheit, wobei sich der Graf diese Freiheit in barem Schutzgeld bezahlen ließ.
1620 hat Altona bereits 1500 Einwohner, es war allerdings ungeordnet bebaut und ohne jede Befestigung. Die einzige "Prachtstraße" war die Palmaille, die unter dem letzten Schauenburger Grafen 1639 als Spielbahn entstand. Der Name geht auf das italienische Pallamaglio-Spiel zurück, das sich seinerzeit sehr ausgebreitet hatte. Es bestand darin, dass zwei Parteien, die sich als Gegner gegenüberstanden, eine Kugel (palla) mit einem hölzernen Hammer (maglio) eine Bahn entlang zu treiben hatten. Kaum war die Palmaille fertiggestellt, starb Graf Otto VI. von Schauenburg, ohne Erben zu hinterlassen. Als erledigtes Reichslehen hätte der Kaiser in Wien die Grafschaft Pinneberg wieder vergeben müssen, doch wir sind mitten im Dreißigjährigen Krieg, die kaiserlichen Truppen haben in Norddeutschland genug anderes zu tun, und in dieses Vakuum stößt der dänische König Christian IV., um die Stellung der Dänen an der Unterelbe zu stärken.