Bekanntlich hält die Stabilität in den Weimarer Jahren nicht lange, und im Herbst 1929 beginnen mit der Weltwirtschaftskrise die Schwierigkeiten, die auch an Altona nicht vorbeigehen. Ehrgeizige Wohnungsbauprogramme müssen gestoppt oder zumindest gestreckt werden, eine pädagogische Akademie - der spätere Neubau des Christianeums - bleibt als Rohbau stecken, statt Geschosswohnungsbau entstehen Siedlerstellen in Lurup und Osdorf aus einem Notprogramm der Reichsregierung. Und dann gerät am 17. Juli 1932 Altona reichsweit in die Schlagzeilen, als 18 Tote nach Straßenschlachten am Altonaer Blutsonntag zu beklagen sind, nachdem die SA Schleswig-Holsteins einen Provokationsmarsch durch die roten Stadtviertel der Altonaer Altstadt unternommen hatte. Am 1. August 1933 werden in diesem Zusammenhang vier Todesurteile auf dem Gerichtshof an der Allee gegen Bruno Tesch und drei seiner Freunde vollstreckt.
In den Märztagen des Jahres 1933 besetzt die SA das Altonaer Rathaus, hisst die Hakenkreuzfahne, und erste Verhaftungen von Magistratsmitgliedern und Stadtverordneten werden vorgenommen. Brauer kann in letzter Minute über Thüringen und München nach Österreich fliehen, Oelsner leitet gegen sich selbst ein Disziplinarverfahren ein, das mit einem Freispruch von allen gegen ihn erhobenen Vorwürfen wie Korruption und Bestechung endet.
Vier Jahre bleiben dem nationalsozialistischen Magistrat unter Oberbürgermeister Brix, andere Akzente als bisher zu setzen. Das geschieht sowohl in der Baupolitik - zum Beispiel in einer beginnenden Kahlschlagsanierung in der Altonaer Altstadt - als auch in der Schul- und Kulturpolitik, von den sonstigen Erscheinungen der NS-Diktatur ganz abgesehen. Am 26. Januar 1937 wird ohne vorherige Ankündigung das Groß-Hamburg-Gesetz verkündet, mit dem Adolf Hitler "mit einem Federstrich" die Selbständigkeit Altonas und auch der anderen preußischen Städte rund um Hamburg beseitigt. Zum 1. April 1937 scheidet Altona aus der Provinz Schleswig-Holstein aus und besteht zunächst für ein Jahr als selbständige Gemeinde innerhalb der Hansestadt Hamburg weiter. Die bisher von Altona wahrgenommenen staatlichen Aufgaben gehen auf Hamburg über. Zum 1. April 1938 wird Altona dann ganz nach Hamburg eingegliedert und seine Stadtverwaltung ist nur noch ein Außenposten Hamburgs. Dennoch haben die nationalsozialistischen Planer mit Altona viel vor, denn hier soll einmal das Grauhochhaus für Norddeutschland stehen, das Elbufer soll vollständig umgestaltet werden und gigantische Aufmarschachsen sollen den ankommenden Schiffen aus Übersee das neue Tor zur Welt weisen. Es wird eigens ein "Architekt für das Elbufer" (siehe Foto Elbufermodell) engagiert, der gegenüber dem Altonaer Rathaus auf dem heutigen Altonaer Balkon residiert, dort malt und zeichnet, aber außer einigen Steinproben und Holzmodellen im Bereich des Kühlhauses Neumühlen bis zum 1. September 1939 zum Glück nichts zustande bringt. Nach dem Ausbruch des Weltkrieges wird nur noch ein Sockel für die spätere Elbbrücke gemauert, alles andere wird nun der Kriegswirtschaft untergeordnet, was die Planer nicht davon abhält, noch nach den Luftangriffen von 1943 munter weiter zu planen und die Zerstörung der Altonaer Altstadt als Chance zu begreifen, nunmehr erst recht neue Achsen und Aufmarschplätze zu planen.
In den Julitagen des Jahres 1943 geht die Altonaer Altstadt mit dem alten Rathaus, der Königstraße, der Heilig-Geist-Kapelle, der Großen Johannisstraße und vielem anderen mehr im Bombenhagel unter. Ottensen dagegen bleibt weitgehend unzerstört, während auch in den Elbdörfern bis hin nach Rissen vereinzelt Luftangriffe zu verzeichnen sind. Hier hatte nämlich seit 1936 ein kräftiger Kasernen- und Flakstellungsbau begonnen, der nun das Ziel britischer und amerikanischer Luftangriffe wurde.