Die Finanz- und Controlling-Abteilung ist der interne Dienstleister der Behörde. Sie unterstützt die Planung und Steuerung des Einsatzes von Personal-, Geld- und Betriebsmitteln.
Der Abteilung angeschlossen ist die Projektgruppe Neues Haushaltwesen. Gemeinsam mit den anderen Fachbehörden, Bezirksämtern und der Bürgerschaft führt sie eine kaufmännisch orientierte Buchführung für die Behörde ein. Dabei löst die doppelte Buchführung das bisherige System der Gewinn- und Verlustrechnung ab. Mit der Einführung der doppelten Buchführung (Doppik) weist die Stadt Hamburg transparent ihr Vermögen und ihre Schulden aus.