Die Sicherheit am Flughafen wird unter anderem durch die Luftaufsicht vor Ort gewährleistet. Darüber hinaus befassen sich die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Luftverkehrsreferats mit allen Themen, die den Flugbetrieb betreffen.
Seit dem 31.12.2020 ist die Durchführungsverordnung (EU) 2019/947 der Kommission vom 24. Mai 2019 über die Vorschriften und Verfahren für den Betrieb unbemannter Luftfahrzeuge in großen Teilen anwendbar. Durch die europäischen Regelungen wurden Anpassungen an den nationalen Vorschriften erforderlich, die seit Juni 2021 in Kraft sind.
Das Luftverkehrsreferat ist auch für die Lizensierung der Flugschulen in Hamburg zuständig sowie für sonstige Zulassungsfragen, die die Hamburger Luftfahrtunternehmen betreffen.
Für die Lizenzierung von Privatpiloten und die damit zusammenhängenden Prüfungen ist das Luftverkehrsreferat zuständig. Ausbildungsorganisationen, Lizenzinhaber, Fluglehrer sowie Flugschüler können sich an diese Stelle wenden.