Die Entwicklung und Nutzung zukunftsorientierter Umwelttechnologien spielt nicht nur in der Cluster-Politik der Hansestadt eine große Rolle. Auch die EFRE-Förderung sieht hier einen wichtigen Schwerpunkt und hat bereits mit verschiedenen Projekten, die über die Hansestadt hinauswirken, deutliche Zeichen gesetzt. Beispielsweise mit der Umwandlung eines ehemaligen Luftschutzbunkers in den „Energiebunker Wilhelmsburg“. Bei diesem Projekt im Rahmen der IBA 2013 wird durch die Integration unterschiedlicher umweltfreundlicher Wärme- und Stromerzeugungsanlagen die nachhaltige Energieversorgung gefördert und außerdem zum Erhalt eines Mahnmals beigetragen. Auf dem „Energieberg Georgswerder“ – einem ehemaligen Müllberg - hat der EFRE u.a. den Aufbau einer Photovoltaikanlage auf besonders schwierigem Untergrund unterstützt.
Auch hier orientiert sich die Förderung am Operationellen Programm, den überprüfbaren Indikatoren, der Liste der Auswahlkriterien und den Regelungen für die Zuschussfähigkeit der Ausgaben.