Das Institut für Hygiene und Umwelt (HU) betreibt seit 2021 mit dem NGS-Labor eine wissenschaftlich orientierte Infrastruktur, die es ermöglicht Next Generation Sequencing als innovative Technologieplattform auf stetig wechselnde Fragestellungen aus den drei Fachbereichen - Lebensmittelsicherheit und Zoonosen, Hygiene und Infektionsmedizin sowie Umweltuntersuchungen - anzuwenden.
Die Service-Leistungen des NGS-Labors stehen auch externen Auftraggebern zur Verfügung.
Im Fokus des Laborbetriebs steht die Auswertung spezifischer Fragestellungen wie beispielsweise
- die Untersuchung von Lebensmitteln zur Lebensmittelsicherheit und Authentifizierung,
- die Typisierung von bakteriellen und viralen Krankheitserregern (Nachverfolgung von Infektionsketten) sowie
- die Untersuchung von hoch-diversen Umweltproben (Meta-Omics) .
Das Portfolio des NGS-Labors erstreckt sich hierbei nicht nur über die mikro- und molekularbiologischen Arbeiten im Zuge der Probenvorbereitung und Sequenzierung, sondern auch auf die Bioinformatik.
Die Auswertung der Sequenzdaten erfolgt direkt im Anschluss an die Sequenzierung mittels eigener Bioinformatik und implementierter rechnergestützter Arbeitsprozesse (Pipelines), die auf lokalen Linux-basierten High-Performance-Computing-Cluster (HPC-Cluster) ablaufen.
Abseits des Routinebetriebs steht das NGS-Labor auch bei kurzfristigen Fragestellungen zur Verfügung, um im Krisenfall (z.B. Ausbruchsgeschehen) zur schnellen Risikoabschätzung, Verbreitung und Nachverfolgung (Aufklärung von Infektionsketten) aus eigener Kraft beizutragen.
