Die „Rote Flora“ ist seit November 1989 für die autonome Szene nach wie vor der bedeutendste Treff- und Veranstaltungsort in Hamburg und wird auch von weiteren militanten linksextremistischen Gruppierungen genutzt.
Das Gebäude, in dem sich heute die "Rote Flora" befindet, kann auf eine jahrzehntelange wechselvolle Geschichte zurückblicken. Im Verlauf der Zeit war die "Flora" u.a. Tanzpalast und Kino und wurde bis kurz vor der Besetzung (1989) als Filiale einer Einzelhandelskette genutzt. Ein Investor wollte 1989 auf dem Gelände der "Flora" ein neues Gebäude für das Musical "Phantom der Oper" errichten, was nicht nur auf den Widerstand der im Schanzenviertel lebenden Autonomen, sondern auch der dortigen Bevölkerung stieß. Die Autonomen forderten, statt eines neuen "Vergnügungstempels" ein Kommunikationszentrum für das Viertel einzurichten und besetzten das Gebäude. Aus einem Treffpunkt für die Anwohner entwickelte sich die "Rote Flora" aber zu einem Treffpunkt für Linksextremisten.
Ende 1995 drohte ein Brand die Existenz der "Roten Flora" zu beenden. In einer großen Aufbauaktion gelang es den Flora-Nutzern jedoch mit Hilfe örtlicher und auswärtiger Unterstützer, das Gebäude wieder nutzbar zu machen.
Ende des Jahres 2000 wurde der "Roten Flora" von der Stadt ein Vertragsangebot unterbreitet, das die "Floristen" aber mit deutlicher Mehrheit ablehnten. Jegliche vertragliche Regelung würde sich mit dem autonomen, d.h. herrschaftsfreien Anspruch der Nutzer nicht vereinbaren lassen. Im März 2001 verkaufte der Senat die Immobilie an den privaten Investor Klausmartin KRETSCHMER, der nach eigenem Bekunden keine Änderung am status quo vornehmen will. In verschiedenen Verlautbarungen haben die "Floristen" betont, dass es ihnen egal sei, wer die "Rote Flora" besitze. Sie betrachten das Gebäude nach wie vor als das ihre und würden sich durch niemanden in ihre Politik hineinreden lassen.
Die "Rote Flora" war immer wieder Ausgangspunkt bzw. Anlaufstelle anlässlich verschiedener gewalttätig verlaufender Aktionen im Schanzenviertel. Deshalb wird das Gebäude vor Veranstaltungen oder Demonstrationen, bei denen Ausschreitungen befürchtet werden, verschlossen. So soll vermieden werden, dass Demonstrationsteilnehmer das Haus als Fluchtburg nutzen und der Polizei einen Anlass für eine Durchsuchung bieten.
In den letzten Jahren hatten die Nutzer der "Roten Flora" mit Flugschriften zu Themen wie Rassismus / Drogenproblematik, Ausgrenzung / Vertreibung sowie Antisemitismus eine Reihe von politisch-inhaltlichen Debatten ausgelöst, die innerhalb der autonomen Szene auf große Resonanz stießen und kontrovers diskutiert wurden.
Trotz abnehmender politischer Bedeutung bleibt die "Rote Flora" der wichtigste Kristallisationspunkt der Autonomen in Hamburg und Umgebung. Nicht alle Nutzer der "Roten Flora" sind Autonome. U.a. finden dort Konzerte statt, die auch bei unpolitischen Jugendlichen regen Zuspruch finden.