Zur Erfüllung ihrer Aufgaben tagt die IMK in der Regel zweimal im Jahr, sofern nicht insbesondere aufgrund aktueller politischer Entwicklungen oder Gefahrenlagen für die Innere Sicherheit Sondersitzungen erforderlich sind. Außerdem können Beschlüsse im schriftlichen Umlaufverfahren gefasst werden.
Die meisten Themen, die die Minister und Staatssekretäre in ihren Sitzungen erörtern, werden von den sechs ständigen Arbeitskreisen der IMK vorbereitet, die in ihrem Zuschnitt den Geschäftsbereich der Innenressorts abbilden und damit auch den Aufgabenbereich der IMK beschreiben:
- AK I - Staatsrecht, Verwaltung und Zuwanderung (unter anderem Verfassungsrecht, Ausländerrecht, Datenschutz, Verwaltungsrecht)
- AK II - Innere Sicherheit (unter anderem Gefahrenabwehr, Bekämpfung des Terrorismus, Angelegenheit der Polizei)
- AK III - Kommunale Angelegenheiten
- AK IV - Verfassungsschutz
- AK V - Feuerwehrangelegenheiten, Rettungswesen, Katastrophenschutz und zivile Verteidigung
- AK VI - Organisation, öffentliches Dienstrecht und Personal
Den Arbeitskreisen gehören die jeweiligen Abteilungsleiter der Innenressorts der Länder und des Bundes an. Im AK II sind außerdem die Präsidenten des Bundeskriminalamtes und der Deutschen Hochschule der Polizei Mitglieder. Im AK IV nimmt der Präsident des Bundesamtes für Verfassungsschutz an den Sitzungen teil.
Zusätzlich zu der Vorbereitung durch die Arbeitskreise können die Länder und der Bund Themen für die Sitzungen der IMK anmelden.
Kurz vor den Sitzungen der IMK tagt jeweils eine Konferenz der Staatssekretäre und Staatsräte, die die Arbeitsergebnisse der Arbeitskreise und die gesonderten Themenanmeldungen bewertet und für die Minister und Senatoren aufbereitet. Auch die Staatssekretäre und Staatsräte können wie die IMK jederzeit anlassbezogen zu Sitzungen zusammentreten. Den Vorsitz führt der Staatssekretär des IMK-Vorsitzlandes.
Für die Beschlussfassung der IMK gilt das Einstimmigkeitsprinzip. Die Beschlüsse sind in der Regel öffentlich, sofern nicht bestimmte Gesichtspunkte einer Veröffentlichung entgegenstehen.
