Dies ist z.B. der Fall, wenn zu erarbeitende Bebauungspläne nicht den übergeordneten Zielen des Flächennutzungsplans entsprechen. Bebauungspläne müssen aus dem Flächennutzungsplan entwickelt werden bzw. dessen grundsätzlichen Aussagen entsprechen. Daher werden örtlich begrenzte Änderungen des Flächennutzungsplans meistens parallel zu Bebauungsplanverfahren durchgeführt. Die Bebauungsplanverfahren werden dabei in der Regel von den jeweiligen Bezirken bearbeitet, nur in wenigen Fällen durch die Behörde für Stadtentwicklung und Wohnen (BSW), z.B. in der HafenCity und in der Mitte Altona.
Daneben erfolgen Änderungen des Flächennutzungsplans auch, ohne dass parallel ein Bebauungsplan aufgestellt wird. Eine wichtige eigenständige Änderung des Flächennutzungsplans war in der Vergangenheit z. B. die Darstellung von Eignungsgebieten für Windenergieanlagen.
Für Bebauungspläne der Innenentwicklung, die den in § 13a des Baugesetzbuchs genannten Kriterien entsprechen, wird kein Änderungsverfahren des Flächennutzungsplans durchgeführt. Nach Feststellung eines solchen Bebauungsplans wird der Flächennutzungsplan berichtigt, indem er in den Grenzen dieses Bebauungsplans entsprechende neue Darstellungen erhält. Eine Beteiligung der Öffentlichkeit findet im Rahmen des Bebauungsplanverfahrens statt, wobei über die Berichtigung des Flächennutzungsplans informiert wird.
Zur Sicherung und Koordinierung einer geordneten städtebaulichen Entwicklung der Gesamtstadt liegen die inhaltliche Federführung und die Verfahrensverantwortung für die Flächennutzungsplanung bei der Behörde für Stadtentwicklung und Wohnen. Damit ist gewährleistet, dass bei Fortentwicklungen und Änderungen des Flächennutzungsplans übergeordnete und gesamtstädtische, thematische und räumliche Zusammenhänge gewahrt werden.
