Als eine der wettbewerbsfähigsten und innovativsten Wissenschaftsregionen der Welt hat der Ostseeraum für den Wissenschaftsstandort Hamburg eine hohe strategische Bedeutung. Daher ist die BWFG derzeit in zwei Initiativen aktiv:
Das Baltic Science Network (BSN) ist ein politisches Netzwerk für Hochschulbildung, Wissenschafts- und Forschungskooperation, das relevante transnationale, nationale und regionale Akteure aus den Ländern des Ostseeraums zusammenbringt.
Im Hanseatic Life Science Research Infrastructure Consortium (HALRIC) kooperiert Hamburg mit dänischen, schwedischen und norwegischen Partnern zur Förderung der Innovationskapazitäten im Bereich Life Science.