Die Akademie ist eine nichtrechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts. Sie unterliegt der Dienst- und Fachaufsicht der Behörde für Finanzen und Bezirke Hamburg.
Die Norddeutsche Akademie für Finanzen und Steuerrecht Hamburg gliedert sich in drei Bereiche:
Die Norddeutsche Akademie für Finanzen und Steuerrecht verfügt neben ihrem Hauptsitz in Hamburg auch über Außenstellen in Bremen und Güstrow.