Die Norddeutsche Akademie für Finanzen und Steuerrecht Hamburg wurde am 1. September 2010 durch Zusammenlegung der Hochschule für Finanzen Hamburg mit der Landesfinanzschule Hamburg und dem für die Fortbildung zuständigen Teil des Referats für Aus- und Fortbildung der Finanzbehörde Hamburg gegründet. Ihre Rechtstellung, Organisation und Struktur sind im Gesetz über die Norddeutsche Akademie für Finanzen und Steuerrecht Hamburg geregelt.
Am 6. Juni 2012 wurde zwischen der Freien Hansestadt Bremen, dem Land Mecklenburg-Vorpommern und der Freien und Hansestadt Hamburg ein Abkommen über die gemeinsame Steuerbeamtenausbildung geschlossen. Damit wird seit dem 1. September 2012 die Steuerbeamtenausbildung für die Laufbahngruppe 1, 2. Einstiegsamt (früher: mittlerer Dienst) und seit dem 1. Oktober 2012 für die Laufbahngruppe 2, 1. Einstiegsamt (früher: gehobener Dienst) der drei Länder unter dem Dach der Norddeutschen Akademie für Finanzen und Steuerrecht Hamburg durchgeführt. Die Ausbildung der bremer Anwärter erfolgt in der Außenstelle Bremen, die Ausbildung der mecklenburg-vorpommerschen Anwärter in der Außenstelle Güstrow.