Die Bezirksamtsleiterin sowie eine Dezernentin und drei Dezernenten bilden das leitende Team des Bezirksamtes Harburg. Die Leitung eines Bezirksamtes in Hamburg wird durch die Bezirksamtsleiterin oder den Bezirksamtsleiter ausgeübt. Alle sieben Bezirksämter sind in vier Dezernate mit unterschiedlichen Aufgabenbereichen unterteilt, so auch das Bezirksamt Harburg. Jedes Dezernat wird durch einen Dezernenten oder Dezernentin geleitet.
Bezirksamtsleiterin Sophie Fredenhagen bildet zusammen mit dem Dezernent und stellvertretenden Bezirksamtsleiter Dierk Trispel sowie der Dezernentin Dr. Anke Jobmann und dem Dezernent Hans Christian Lied das Leitungsteam des Bezirksamtes Harburg.